Am Morgen des 28. März 1979 um 4 Uhr und 36 Sekunden fielen bei Arbeiten an der Kondensatreinigungsanlage die zwei Hauptspeisepumpen im sekundären Kühlkreislauf mit nichtradioaktivem Wasser aus. Dieser Ausfall geschah aufgrund von mechanischen, pneumatischen oder elektrischen Problemen bei der Pumpensteuerung und verhinderte die Kühlung der zwei Dampferzeuger. Auf einer Website über das Unglück[1] stellt der Publizist Scott Johnson dar, dass es zu dem Ausfall gekommen sei, weil jemand das Instrument Air System, das zur Steuerung pneumatischer Einrichtungen des Kraftwerks verwendet wurde, mittels eines Gummischlauchs mit einer Wasserleitung verbunden hat. So konnte Wasser in die Luftleitung eindringen, was dazu führte, dass sich die durch dieses System angesteuerten Ventile schlossen. Ob dieses Anschließen des Schlauchs aufgrund eines Versehens oder zu dem Zweck geschah, das Wasserversorgungssystem unter Druck zu setzen, ist nicht geklärt. Sowohl Druckluft- als auch Wasserversorgungssystem verfügten über die gleichen Chicago Pneumatic Fittings – was einen Konstruktionsfehler darstellte – die zudem noch schlecht markiert gewesen sein sollen. Außerdem sei es vor Ort dunkel gewesen. Auch der Bericht der Kommission des Präsidenten spricht von Wasser in dem besagten Druckluftsystem.
Als Folge des Ausfalls der Speisewasserpumpen schaltete sich zuerst der Turbosatz und sodann der Kernreaktor durch einen sog. SCRAM, die Notabschaltung, ab, d. ...